La méthanisation permet de récupérer l’énergie sous forme de biogaz ou de chaleur et d’utiliser les « digestats » comme fertilisants organiques des sols.
C’est un processus que l’on peut mettre en œuvre dans des installations dédiées : les méthaniseurs.
On parle de méthanisation agricole ou méthanisation « à la ferme » lorsque ces matières proviennent des activités agricoles : effluents d’élevage (fumier, lisier), résidus de récolte, déchets de l’industrie agro-alimentaire ou de la restauration,... et que ce sont les agriculteurs eux-mêmes qui mettent en œuvre la méthanisation.
Les intrants, indique le Ministère du Développement Durable (9), « sont constitués de déchets agricoles et agro-alimentaires, de boues de station de traitement des eaux usées et de biodéchets issus de la collecte sélective des ordures ménagères. Il s’y ajoute des cultures à vocation énergétique obtenues à partir de pratiques culturales qui peuvent affecter plus ou moins les ressources en eau. La traçabilité des intrants et leur qualité sont déterminantes pour pouvoir apprécier la qualité des digestats (microplastiques, autres polluants...) et leur impact possible sur les sols et les eaux, notamment souterraines. Les aires de transbordement et de stockage de ces déchets peuvent également être à l’origine de pollutions notamment par suite d’écoulements ou de lessivage pluvial. Le stockage des déchets peut être à l’origine d’odeurs. »

Fortement encouragé par les pouvoirs publics, la filière méthanisation connaît une croissance importante en France. Selon Greenpeace (7), elle est passée d’une production énergétique d’un TWh en 2007 à près de 7TWh en 2019 et a généré un CA de 840 Millions d’euros. Fin 2021, il existait 1 175 unités de méthanisation en France dont 70% sont « agricoles ».
L’intérêt double de la méthanisation est de produire du gaz en permettant de remplacer des énergies fossiles et donc de réduire les émissions de gaz à effet de serre tout en offrant un fertilisant local, alternative aux engrais de synthèse.
L’INRAE explique que, contrairement au compost, les bactéries qui agissent dans un méthaniseur pour décomposer les matières organiques ne doivent pas être dans milieu avec de l’oxygène (anaérobie). En effet, si votre compost n’est pas aéré suffisamment en le brassant, il pourrait relarguer du méthane dans l’atmosphère. Ce méthane qui est justement produit par le méthaniseur.