La valorisation des eaux usées sous la forme de fertilisants pour l’agriculture et les risques de contamination associés

Le 16/04/2026 0

Nos déchets ménagers et les déchets industriels peuvent être réutilisés sous la forme de fertilisants agricoles. Les boues des stations d’épuration ou les digestats de méthaniseurs sont alors épandus sur les sols comme engrais organique. Comment cela impacte-t-il la présence de métaux lourds ou de PFAS dans nos aliments ? Est-ce vraiment une pratique durable et vertueuse ?

A propos des contaminants dans nos assiettes

La contamination aux polluants éternels ou PFAS, substances perfluoroalkylées et polyfluoroalkylées, touche la quasi-totalité de l'alimentation, selon les données européennes récentes. L’ANSES a récemment alerté (février 2026) sur la présence « toujours préoccupante » de métaux lourds » dans nos assiettes : le cadmium, le plomb et le mercure.

Ces éléments toxiques se retrouvent dans nos aliments par différentes voies de contamination.

Les voies de contamination

Le premier responsable de la contamination des sols a été l’industrie qui a rejeté dans l’air, le sol et l’eau différents polluants. L’INRAE indique dans un article publié le 10 janvier 2025 (1) qu’« À certains endroits, jusqu’à 30 % du stock actuel de cadmium dans le sol est dû aux retombées atmosphériques ».

Les terres cultivées peuvent être plus ou moins contaminées, du fait d’une activité industrielle passée. L’eau utilisée pour l’exploitation peut également être contaminée. A ces causes, s’ajoute l’utilisation de fertilisants eux-mêmes contaminés. Tous ces apports constituent un stock dans le sol qui mettra des décennies à disparaître.

Les engrais agricoles

Les engrais utilisés par les agriculteurs peuvent être des engrais minéraux comme ceux issus de roches phosphatées, pouvant être elles-mêmes contaminées. Ils peuvent également utiliser des boues directement issues de stations d’épuration (pas en bio) ou des digestats de méthanisation qui selon la provenance des déchets peuvent contenir des PFAS ou des métaux lourds.

L’agriculture bio diminue quelque peu les risques de contamination avec l'interdiction d'épandre des boues de stations d'épuration mais sans garantie totale étant donné d’une part que les sols cultivés peuvent avoir été contaminés préalablement par une activité industrielle et parce que les engrais minéraux provenant de roches phosphatées et les digestats de méthanisation sont autorisés en agriculture biologique, cependant sous réserve de certaines contraintes de traçabilité et de sélection des intrants.

L’objet de cet article est de faire un focus sur les boues d’épuration et les digestats de méthanisation.

Focus sur les boues d'épuration

Les boues d’épuration proviennent des stations d’épuration des villes et villages, lesquelles collectent les eaux pluviales, les eaux domestiques et des eaux usées industrielles préalablement traitées. L’ANSES Précise que « plus de 70% des boues issues des stations de traitement des eaux usées sont utilisées en agriculture, dans le but d’apporter aux sols de la matière organique et des éléments fertilisants comme de l’azote et du phosphore. »

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Dans son article sur le traitement des eaux usées urbaine, Monsieur De Laat, indique que « chaque habitant raccordé à une station d’épuration produit environ 20 à 25 kg/an (en poids sec) de boues d’épuration. Ces boues qui contiennent environ 65 % de matières organiques, de l’azote et du phosphore, sont depuis longtemps valorisées en agriculture (épandage, compostage).

Véolia agriculture (4), propose différentes possibilités de valorisation des boues en agriculture. Soit l’épandage direct ou le compostage ou encore la méthanisation.

Focus sur la méthanisation et les digestats

La méthanisation permet de récupérer l’énergie sous forme de biogaz ou de chaleur et d’utiliser les « digestats » comme fertilisants organiques des sols.

C’est un processus que l’on peut mettre en œuvre dans des installations dédiées : les méthaniseurs.

On parle de méthanisation agricole ou méthanisation « à la ferme » lorsque ces matières proviennent des activités agricoles : effluents d’élevage (fumier, lisier), résidus de récolte, déchets de l’industrie agro-alimentaire ou de la restauration,... et que ce sont les agriculteurs eux-mêmes qui mettent en œuvre la méthanisation.

Les intrants, indique le Ministère du Développement Durable (9), « sont constitués de déchets agricoles et agro-alimentaires, de boues de station de traitement des eaux usées et de biodéchets issus de la collecte sélective des ordures ménagères. Il s’y ajoute des cultures à vocation énergétique obtenues à partir de pratiques culturales qui peuvent affecter plus ou moins les ressources en eau. La traçabilité des intrants et leur qualité sont déterminantes pour pouvoir apprécier la qualité des digestats (microplastiques, autres polluants...) et leur impact possible sur les sols et les eaux, notamment souterraines. Les aires de transbordement et de stockage de ces déchets peuvent également être à l’origine de pollutions notamment par suite d’écoulements ou de lessivage pluvial. Le stockage des déchets peut être à l’origine d’odeurs. »

Article methaniseur ademe

Fortement encouragé par les pouvoirs publics, la filière méthanisation connaît une croissance importante en France. Selon Greenpeace (7), elle est passée d’une production énergétique d’un TWh en 2007 à près de 7TWh en 2019 et a généré un CA de 840 Millions d’euros. Fin 2021, il existait 1 175 unités de méthanisation en France dont 70% sont « agricoles ».

L’intérêt double de la méthanisation est de produire du gaz en permettant de remplacer des énergies fossiles et donc de réduire les émissions de gaz à effet de serre tout en offrant un fertilisant local, alternative aux engrais de synthèse.

L’INRAE explique que, contrairement au compost, les bactéries qui agissent dans un méthaniseur pour décomposer les matières organiques ne doivent pas être dans milieu avec de l’oxygène (anaérobie). En effet, si votre compost n’est pas aéré suffisamment en le brassant, il pourrait relarguer du méthane dans l’atmosphère. Ce méthane qui est justement produit par le méthaniseur.

Les risques liés à l'épandage agricole de boues des stations d'épuration ou des digestats de méthanisation

Les boues des stations d’épuration comme les digestats de méthaniseurs, rappelle France Nature Environnement dans sa note d’état des lieux de la méthanisation peuvent contenir des métaux lourds (5) : « sont rappelés les problèmes potentiels liés aux ETM - Eléments Trace Métalliques - qui doivent faire l'objet d'études car ils peuvent concerner notre ressource d'eau potable. Plusieurs experts rappellent au préalable que le plus important à retenir pour les ETM est que cela ne dépend pas de la méthanisation, mais des ETM présents dans les déchets qui sont introduits dans le digesteur. »

De plus, l’INRAE pointe une dérive possible, avec le développement de la méthanisation, consistant à remplacer les cultures pour l’alimentation par les cultures intermédiaires à vocation énergétique (CIVE) destinées uniquement aux méthaniseurs. Ceci pour des raisons financières, la vente de biogaz étant beaucoup plus rentable que la vente des récoltes issues des cultures principales. A ce sujet, France Nature Environnement (5) indique dans son état de lieu de 2021 que « les objectifs de la PPE (Programmation Pluriannuelle de l’Energie) à l’échéance 2028 ne nécessitent pas d’appel à des changements d’usage des terres susceptibles d’affecter la production alimentaire, les surfaces de CIVE nécessaires pour répondre au besoin étant très largement inférieures au potentiel disponible pour de telles cultures intermédiaires ». Cette dérive est également soulignée par Greenpeace (7) « il est possible que le développement de cette filière aboutisse à une approche plaçant la production agricole au service de la production d’énergie, modifiant de fait la production associée à certaines terres agricoles. »

Le risque de pollution accidentelle n’est pas négligeable, et notamment de pollution de l’eau. A titre d’exemple, un article publié sur le site de France 3 région, France Info relate « Un accident a eu lieu sur un digesteur de l'usine de méthanisation Methabaz, à Bourgogne-Fresne (Marne). La préfecture publie un arrêté de mesure d'urgence concernant les installations de la société Methabaz. Les sources de captage d'eau pour le Grand Reims se trouvent à proximité des terres polluées. »

Conclusion

Les agriculteurs, en période de forte augmentation des prix des engrais, pourraient trouver un intérêt à épandre des boues provenant des stations d’épuration ou des digestats de méthanisation comme alternative économique et locale aux engrais importés. Les méthaniseurs permettent à la fois de bénéficier d’un fertilisant économique et local, renforçant ainsi la résilience des exploitations et de produire du biogaz dont la revente est rentable. De nombreux projets de petites unités inférieures à 1 000 tonnes ont vu le jour, portés par des regroupements d’agriculteurs, cependant ces projets peuvent se heurter à des résistances localement, comme celui porté, dans l’Oise par 17 agriculteurs qui s’est vu annulé. L’utilisation de ces boues et digestats pour l’agriculture pose plusieurs problèmes environnementaux et notamment des questions liées à la présence de contaminants, métaux lourds et PFAS, lesquels se retrouveront dans nos assiettes. L’agriculture biologique ne peut pas épandre de boues issues des stations d’épuration mais elle peut, sous certaines contraintes, utiliser les digestats de méthanisation. La question de la traçabilité des éléments constituant les boues ou les digestats est clé car leur qualité conditionne la qualité de l’épandage agricole et donc la qualité de nos aliments. Lors de l’audit annuel du certificateur bio, les justificatifs concernant les intrants doivent être fournis (12).

La réutilisation des déchets industriels et ménagers pour les transformer en fertilisants pour l’agriculture ne doit pas nous faire oublier l’importance de réduire ces déchets et d’en éliminer les polluants les plus nocifs pour la santé. A l’échelle individuelle, chacun peut agir en réduisant ses achats contenant des métaux lourds ou PFAS au minimum.

Sources

  1. INRAE Article 10/01/2025

https://www.inrae.fr/actualites/pourquoi-y-t-il-du-cadmium-sols-comment-retrouve-t-lalimentation

Pourquoi y a-t-il du cadmium dans les sols et comment le retrouve-t-on dans l’alimentation

  1. Article sur l’encyclopédie de l’environnement (Université Grenoble Alpes) 20/10/2025

https://www.encyclopedie-environnement.org/sol/boues-epuration-aubaine-terres-agricoles/

Boues d’épuration, une aubaine pour les terres agricoles

  1. Article sur l’encyclopédie de l’environnement (Université Grenoble Alpes) 25/11/2025 Joseph DE LAAT Professeur à l’École Nationale Supérieure d’Ingénieurs de Poitiers (ENSIP), Institut de Chimie des Milieux et Matériaux de Poitiers.

https://www.encyclopedie-environnement.org/eau/pourquoi-comment-traiter-eaux-usees-urbaines/

  1. Veolia agriculture

https://www.agriculture.veolia.fr/fr/gestion-dechets-recyclage/boues-step

  1. Note de France Nature Environnement 20 dec 2021 Etat des lieux sur la méthanisation

https://fne.asso.fr/system/files/2025-05/M%C3%A9thanisation%20-%20Etat%20des%20lieux%20des%20controverses.pdf

  1. INRAE

Méthanisation, c’est quoi ?

https://www.inrae.fr/approchez-vous/methanisation-cest-quoi

  1. Greenpeace La méthanisation n’est pas une solution miracle

https://www.greenpeace.fr/methanisation-agricole-quels-risques-quels-avantages/#:~:text=Car%20en%20plus%20des%20nuisances,000%20personnes%20durant%20plusieurs%20jours.

  1. France info 28/02/2025 Accident de méthaniseur : un million de litres de déchets s'échappe sur des terres cultivées

https://france3-regions.franceinfo.fr/grand-est/marne/reims/accident-de-methaniseur-1-million-de-litres-de-dechets-s-echappe-sur-des-terres-cultivees-3114940.html

  1. MRAE Mission régionale d’autorité environnementale Les missions régionales d’autorité environnementale (MRAe) ont été créées en 2016, aux côtés de l’Ae, afin de pouvoir exprimer des avis indépendants sur tous les "plans/programmes" et de contribuer à un meilleur fonctionnement démocratique pour la préparation des décisions environnementales
    Fiche de la MRAE La méthanisation : des externalités positives et des risques à prendre en compte pour l’impact sur les ressources en eau  08/01/2025

https://www.mrae.developpement-durable.gouv.fr/IMG/pdf/22_methanisation.pdf

  1. Portail National d’information sur la méthanisation

https://www.methafrance.fr/

  1. Annulation du projet de méthaniseur porté par 17 agriculteurs de l’Oise

https://www.lejournaldesentreprises.com/article/coup-darret-pour-le-projet-de-methaniseur-dauneuil-dans-loise-2131391

  1. Solagro.org Rapport final 2024 Agriculture bio et méthanisation

https://solagro.org/medias/publications/f152_1701_rapport_final_2024.pdf

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